先天性巨結腸治療從傳統意義上有Duhamel、Rehbein、Soave、Swenson四大手術方式，但是經過最近幾十年兒外科醫生積極手術探索，現在臨床最常用手術趨於微創化，一個就是經肛門，直接把結腸拖出來，從而在體外進行結腸切除，減少腹腔內汙染，叫經肛門Soave手術。另外還有經腹腔鏡，如果是長段型巨結腸或者全結腸型巨結腸，腹腔內遊離比較困難，可以在腹腔鏡輔助下進行手術，也是拖出體外，在肛門外進行吻合。現在經過幾十年手術演變，微創手術包括完全經肛門或者腹腔鏡輔助下手術，都能達到很好的治療效果，減少手術後相關併發症。