先天性巨結腸主要的臨床表現為便秘。大部分患兒在出生後很短時間內即可出現症狀，據統計約90%的患兒出生後24-48小時後仍沒有胎糞排出，或者僅有少量胎糞排出，需要使用開塞露灌腸，甚至用肥皂條刺激肛門，才有比較多的胎糞排出。經過開塞露灌腸、肥皂條刺激排出胎糞以後，部分患兒會出現緩解期，可以有大便排出，沒有明顯腹脹。緩解期可以達到幾周甚至幾個月，但是患有先天性巨結腸的患兒，最終會出現頑固性便秘，數天、一週，甚至十幾天無大便排出，有的患兒甚至不進行灌腸、不使用開塞露刺激，就不會自行排便。