先天性巨結腸是一種比較嚴重的先天性疾病，絕大多數患兒均需手術治療，否則患兒容易出現腸梗阻、腹膜炎、小腸結腸炎、全身抵抗力下降、容易感染等併發症，也容易出現貧血、營養不良等全身症狀。先天性巨結腸的手術方式有許多種，但目前來講沒有一種方式是十全十美的。先天性巨結腸手術以後的併發症，較別的疾病多，如汙糞、大便失禁、便秘復發、術後小腸結腸炎等，但是總的來講，先天性巨結腸並非不治之症，只不過手術方式、術後的管理比一般的疾病要複雜一些。而且先天性巨結腸在小兒年齡越小的時候治療，效果會越好。如果不及時治療，患兒到了將近十歲甚至十多歲才治療，治療效果會大打折扣。