先天性巨結腸是一種需要手術治療的疾病，手術方式有許多種，但是沒有一種是十全十美的。由於先天性巨結腸需要切除病變的腸管，然後將剩餘腸管與肛門吻合，會破壞原來肛管、直腸的正常解剖結構，因此術後相應的併發症比別的手術多。早期併發症主要有吻合口瘻、吻合口狹窄、直腸回縮、傷口感染等。晚期併發症主要有汙糞、大便失禁、肛門狹窄甚至排尿不暢等。這些併發症大部分可通過保守治療治癒，但是仍有少數經保守治療效果欠佳，甚至需要再次手術治療。所以先天性巨結腸患者應選擇專業的小兒外科進行手術，可減少相應後遺症的發生幾率。