對於大多數的胃腸道疾病主要是對症治療，很少能夠達到治癒目的。所以針對這類疾病主要是預防為主，養成正確的生活習慣，減少發病。針對功能性消化不良不同病因，需要針對這些病因進行對症治療。比如胃腸動力功能紊亂，需要用促動力藥或雙向調節藥；針對Hp感染也就是幽門螺桿菌感染，可能要採取根除幽門螺桿菌的治療；針對胃酸分泌異常，可能要使用H2受體阻斷劑或質子泵抑制劑進行抑酸治療；針對精神和心理的障礙，有時要採取針對心理調整、藥物治療等。如果有嚴重的精神心理障礙，需要到精神專科進一步諮詢治療。

功能性消化不良和器質性消化不良有區別，器質性消化不良是患者有消化不良的症狀，而且這些消化不良症狀有一些相應的器質性疾病，比如由潰瘍病、腫瘤等引起。

功能性消化不良的患者有消化不良症狀，但是通過影像學、生化學等檢查沒有發現器質性及生化代謝的疾病，所以這類患者稱為功能性消化不良。

功能性消化不良引起的原因主要有以下幾種：第一是胃腸道的動力功能障礙；第二是幽門螺桿菌感染；第三是內臟感覺異常；第四包括精神心理因素；第五是酸等分泌的功能異常。

功能性消化不良主要是由於功能性或者一系列的其他問題，比如心理障礙等引起的症候群，主要表現為四個主要症狀，即上腹脹、上腹痛、早飽和腹脹。針對這類疾病，先要注意正確認識疾病，比如這種疾病由於心理障礙引起就進行一系列的心理調整，養成正確生活方式，對疾病有正確認識。