功能性消化不良有一定自愈傾向。當無明顯誘因，如情緒、飲食、氣候、環境都好，工作也順利，就不會發作。但有的人就會反覆發作，這跟他的內因和外因結合有關。對於反覆發作的患者，則需要吃藥來解決。有的人不需要吃藥，給予心理疏導就能解決。