新生兒敗血症治療主要針對病原菌進行抗感染治療，抗感染治療療程一般在10-14天。在正規醫院通過醫生及時規範的治療，多數患兒將感染控制後能痊癒。少數患兒機體抵抗力低下、病原菌毒力強，病情進展迅速，治療不及時或不規範及多重耐藥菌感染，抗生素治療效果差，感染難以控制可能會危及生命。

新生兒敗血症指細菌與真菌進入新生兒血液中生長繁殖產生毒素引起全身炎症反應綜合徵。新生兒敗血症可出現反應差、吮吸差，體溫升高或降低等表現。新生兒敗血症是威脅新生兒生命的重大疾病，胎齡越小、體重越低，發生新生兒敗血症治療難度越大。新生兒敗血症最常見併發症是化膿性腦膜炎，嚴重可以引起感染性休克，心、腦、腎等多器官功能損害。