慢性骨髓炎手術指徵主要以下幾點：

1、病灶周圍軟組織纖維瘢痕化、骨骼受侵蝕造成缺血壞死、骨質反覆炎性增生、骨質硬化、髓腔封閉、膿液積聚和死腔形成等，機體免疫力和藥物難以達到病灶的局部，為細菌潛伏和繁殖提供條件；

2、慢性竇道形成並長期存在，而且竇道長期存在，炎症反覆刺激導致竇道周圍皮膚產生癌變；

3、耐藥菌株產生、混合感染等，難以篩選出有效抗菌藥物，慢性骨髓炎病人往往在做細菌培養時，骨內細菌和竇道細菌不一致，所以在術中取樣，不光在術前要取樣，術中取樣時還要做到術中多處取樣，來達到選擇敏感抗生素的目的。

基於以上原因，慢性骨髓炎治療註定是以手術治療和藥物治療相結合原則，如炎症急性發作時膿液引流不暢，導致全身中毒反應，急性炎症已控制，包殼骨形成後有室腔或者竇道，都建議手術治療。