急性化膿性骨髓炎選擇抗生素需要有效、聯合、足量、足療程，按照這樣的原則選擇抗生素。根據血培養或者分泌物的培養和藥敏試驗，選擇敏感抗生素，用藥週期比較長，至少要持續4-7周。

一般的情況下，早期住院治療，通過靜脈給藥，靜脈給藥效果是比較確切的，靜脈給藥3周，經過治療，病情比較穩定了，很多病人都該出院了。出院之後，改成口服抗生素，還要繼續應用3周，等到體溫正常，化驗白細胞數、血沉、C-反應蛋白都恢復正常，並且症狀和體徵明顯改善或者消失以後，得需要2周，才能停藥。

療程也不是固定不變的，4-6周是在比較早期，早期診斷清楚開始治療，通過保守治療能治好的病人，這個療程比較有意義，並且是以採取了比較有效的抗生素治療，更有意義。通過藥物治療，沒有效果，甚至病情加重，需要手術治療。骨髓炎治療並不是單純用藥，必要時還需要及時的手術治療。