骨髓穿刺時痛苦較小，不適感通常為疼痛，因有局部麻醉藥物的作用，大部分受檢者可以耐受，大約7天可以恢復。但每個人對於疼痛的耐受程度以及敏感度存在一定差異，對疼痛的感受程度不一，可能部分人群自覺痛苦較明顯。

一般骨髓穿刺帶給患者的心理壓力也較為明顯，尤其是初次行骨髓穿刺者，過度的緊張、畏懼常可提升對疼痛的敏感性，並放大操作過程中的痛苦感受。建議受檢者放鬆心情，目前骨穿技術較為成熟，不要過於擔憂，與醫生做好配合。

骨髓穿刺結束後通常需要休息7天左右可恢復較好，穿刺之後局部經過充分的適度按壓，局部無流血傷口通常可較快恢復。但此操作屬於有創檢查，患者需要預防感染，要嚴格遵醫囑護理傷口，注意衛生，傷口局部避免沾水，保持清潔乾燥。如果傷口發生感染，癒合時間會相應有所延長，需及時就醫處理。

骨髓穿刺常用於檢查血細胞形態，通常可協助診斷、觀察治療療效和判斷預後等。注射麻醉藥物前需做皮試，有出血傾向的患者進行該檢查時應先做凝血試驗，進而判斷是否適合進行此類操作，如血友病患者嚴禁進行骨髓穿刺。檢查時患者可採取仰臥位、側臥位、坐位或側臥位，具體需要根據穿刺部位而定。