胚胎停育的原因有多個，比較常見的原因如下：

1、胚胎自身原因：50%以上的胚胎停育是胚胎自身的問題，比如胚胎的染色體異常或基因異常，所以胎停育做流產時，最好能夠做個胚胎染色體相關的檢查，可以對後續的懷孕產檢提供一定的幫助；

2、孕婦原因：有些孕婦可能患有較嚴重的疾病，且控制不佳，比如慢性高血壓、糖尿病以及甲狀腺的疾病，如甲狀腺功能減退、甲狀腺功能亢進時沒有進行藥物調節或某些免疫系統疾病，如抗磷脂抗體綜合徵、紅斑狼瘡等；

3、父親原因：精子異常也會導致胚胎的異常。