懷孕3個月時，如出現胚胎停育，一般無任何臨床症狀，有時可能伴輕微腹痛，或輕重程度不等的陰道出血，多數患者無明顯臨床症狀，尤其是懷孕11-12周時，進行胎兒頸後透明帶厚度測定的超聲檢查過程中，意外發現胚胎停育。所以胚胎停育多數發生於孕早期，且一般無任何典型臨床症狀。

如果患者有出血、腹痛等症狀，其自身可能知道發生先兆流產，並會及時前往醫院進行檢查，明確診斷後給予相應的治療。相反，胚胎停育常伴宮腔內孕囊持續性存在，甚至增長，胎芽可能生長到一定程度後，胎心消失。由於體內激素水平持續處於高值，所以孕婦可能沒有任何腹痛、出血症狀，有時可能仍然有早孕反應，所以患者通常無任何準備，在進行超聲檢查時發現胚胎停育，在孕婦心裡造成較大創傷。