急性胃腸炎是腸道菌群失調的常見病因，因不良生活習慣，如進食大量刺激性食物或不潔食物，導致胃腸道炎症。菌群失調的常見症狀包括腹瀉、便秘，以及發熱、噁心、嘔吐、渾身無力等伴隨症狀。出現以上症狀時，排除急性胰腺炎、急性膽囊炎、急性闌尾炎等疾病後，才可考慮為胃腸道菌群失調。大便細菌培養，也可以直接判斷患者是否為菌群失調。