通常情況下在發生胚胎停育後，多數到一定時間會被母體子宮自然排出，即自然流產。在醫學上，所有胚胎停育都可以稱為自然流產，胚胎停育之後，多數在一定時間內都會自然排出，有些人是早期排出，有些人到2-3個月，或者3個月之後才會排出體外。

如果發生早期胚胎停育，在母體內停留的時間越長，流產時發生大出血的風險越高，所以不建議胚胎停育之後等待自然排出。確定發生胚胎停育之後，醫生會建議及時到計劃生育門診就診，及時進行刮宮手術，從而可以終止妊娠，此後也可減少併發症的發生，對今後備孕也有幫助。