包莖手術要比單純包皮過長複雜，其手術流程是首先進行消毒、鋪無菌巾，再進行麻醉。如果是小孩子、嬰幼兒做包莖手術，需要全麻手術，如果是中青年人做手術，可以局部麻醉。用無菌鉗將包皮口擴開，將包皮內板與冠狀溝、龜頭粘連的部分分開，將包垢與髒物進行徹底清創，再用碘伏徹底消毒。消毒以後開始做包皮環切手術，手術結束以後，用油紗或無菌紗布包紮，目的是預防術後繼發出血。

術後2-3天，患者粘連的包皮內板與冠狀溝會有滲血、滲液，要注意使用無菌棉籤進行清理，還要預防性應用抗生素。在術後3-4天要進行換藥，換藥之前，用生理鹽水將紗布、油紗浸溼，再進行消毒、換藥，患者的疼痛會減輕，此後傷口不需要再包紮，保持清潔、乾燥即可。術後7天患者傷口基本癒合，達到穩固癒合的時間是在術後2周左右，要達到徹底消腫，通常是在術後1個月左右。