慢性胰腺炎病因複雜，涉及多種因素，其發病通常需急性胰腺炎前哨事件啟動炎症過程。此後多種病因或危險因素維持炎症反應，導致進行性纖維化。某些遺傳變異，自身免疫可不需要急性胰腺炎啟動，促進特發性慢性胰腺炎隱匿起病。具體病因包括以下幾種：

1、各種膽胰管疾病：感染、炎症、結石可引起膽總管下段或胰管與膽管交界處狹窄、梗阻，胰液流出不暢，引起急性複發性胰腺炎，在此基礎上逐漸發展為慢性胰腺炎，是我國慢性胰腺炎常見病因之一；

2、酒精：長期飲酒是慢性胰腺炎主要病因；

3、B組柯薩奇病毒：此病毒可引起急性胰腺炎，且病毒滴度越高，引起急性胰腺炎可能性越大，若此時缺乏組織修復，可能發展為慢性胰腺炎。

其它病因還有特發性胰腺炎、遺傳性胰腺炎、自身免疫性胰腺炎、高鈣血癥、營養因素等。