如果淋球菌檢測出現陰性，首先區分是真陰性或假陰性。如果是假陰性，治療方案與淋球菌感染陽性的治療方式相同。如果是真陰性，很多是因為經過有效的治療，患者的症狀得到改善，複查淋球菌會顯示陰性，這種陰性結果無需進行治療。

淋球菌假陰性主要與實驗室檢測方案有關，臨床中比較常見的淋球菌的塗片檢測用於檢測無併發症的男性尿道膿性分泌物，敏感性高。對於女性患者來說，宮頸炎陽性率僅50%，另外50%女性患者有宮頸炎，但檢測會出現假陰性的結果。

目前，淋球菌的檢查除塗片外，還可以採用更加敏感的核酸檢測的方法，敏感性高，且對於無症狀者的檢出率也更高，可以避免塗片檢查導致出現假陰性結果。