絨癌現在首選的治療方案是化療，也是能夠被化療治癒的一種癌症。所用藥物有氟脲嘧啶、放線菌素、甲氨蝶呤、亞葉酸鈣、環磷酰胺、長春新鹼、依託泊苷、順鉑等。用藥的原則是對較早期如Ⅰ期的患者常採用單藥治療，因為單藥副反應相對輕些，患者的耐受性較好。如果是Ⅱ-Ⅲ期，甚至於Ⅳ期的患者可能會用聯合化療方案。EMA-CO方案是比較經典的方案，患者的完全緩解率會比較高，副反應也會比較小。

化療的副反應以骨髓抑制為主，即白細胞、血小板在化療後有可能會有坡度的下降。現在有較多治療方式能使白細胞、血小板比較順利地迴歸到正常範圍。其次是胃腸道的反應，現在有較好的藥物可以抑制胃腸道反應。最後有脫髮的問題，用聯合方案後大部分女性的頭髮可能會脫落，但是治療結束以後可以迅速恢復。