目前對於卵巢早衰的病因尚不明確，可能為遺傳性因素，如女方染色體45XO通常會出現卵巢早衰現象，而部分免疫性疾病患者也會出現卵巢早衰。對於特定酶缺乏或存在其它疾病的患者，也可能會出現卵巢早衰，如進行卵巢手術，常比未做卵巢手術患者更易出現。

此外，部分生活習慣不合理，如長期熬夜、缺乏鍛鍊、長期暴飲、暴食患者，也可能會出現卵巢早衰。但上述均不屬於具體病因，若個體篩查卵巢早衰病因需到正規醫院，進行針對性檢查才可明確。