臨床中沒有治療潰瘍性結腸炎的特效藥，只能通過藥物緩解臨床症狀，包括急性期的治療和緩解期的維持治療，因此該病很難治癒。通常急性期主要是通過抗生素、5-氨基水楊酸、激素等進行治療。由於潰瘍性結腸炎容易復發，待症狀緩解後多數患者需維持治療，避免驟停激素藥物。若患者長期無症狀，即可認為潰瘍性結腸炎已獲得臨床意義上的治癒，但並非疾病上的真正被治癒。另外，潰瘍性結腸炎的發生與飲食和情緒也有關係，所以注意飲食調節，避免情緒緊張，可以減少該病的復發。