潰瘍性結腸炎的病變部位主要限於大腸黏膜和黏膜下層，呈持續性的瀰漫性的分佈。其病變大多數都是從直腸開始，然後逆行向近端發展，可以累及全結腸以及迴腸末端。由於結腸的病變限於黏膜與黏膜下層，所以很少累及深部肌層，所以它併發腸穿孔、瘻管和周圍膿腫的情況非常少見。少數的重症患者病變累及結腸壁的全層可以導致中毒性巨結腸，這個時候腸壁重度充血，腸腔膨大，腸壁變得非常薄，潰瘍累及肌層及漿膜層可以導致急性穿孔。當病變時間＞20年的患者，他發生癌變的幾率比正常人大約要多10-15倍。