目前治療潰瘍性結腸炎沒有特效藥物，常用藥物從西醫角度而言，是四步治療法。第一步就是美沙拉嗪即5-氨基水楊酸類的藥物，如果是這一步藥治療效果不佳，再用激素，因為激素環孢素之類的，再就是應用免疫抑制劑，然後手術治療；目前中醫也有很多治療方法，比如灌腸、中藥灌腸、口服中藥，臨床上目前常用的藥物，如複方谷氨醯胺膠囊、裸花紫珠、凝結芽孢桿菌、補中益氣顆粒、參苓白朮散等藥物；如果患者病情非常嚴重，如膿血便較嚴重，常常配合激素和美沙拉嗪，如果患者僅僅表現為少量膿血便，腸鏡表現不是太嚴重，儘量採用中藥治療，將副作用減到最小，將費用減到最小。比如患者有嚴重併發症，比如腸穿孔，然後局部的中毒症狀較嚴重，危及到生命時需要手術。