不孕不育針灸部位主要根據每個人不同情況而定，因為每個人症狀表現出來不一樣，病因不一樣、病機不一樣，所以取穴會考慮全身性取穴，或者局部腹部、腰部取穴治療。造成不孕症患者的原因，比如跟工作壓力、環境、夫妻之間關係、跟父母親關係等，所以本身產生症狀也較複雜，比如有些患者失眠表現較多，有些患者會表現胸悶、消化不良方面。還有些患者會有其它症狀，比如腰痛、腹痛等，症狀不一樣取穴也是不一樣，治療也不一樣，主要通過全身調理，把內分泌系統、全身臟腑組織、器官調理好，達到陰陽平衡的狀態。

針灸的部位，可以取頭部穴位，比如患者有失眠，可以取頭部神庭、四神聰等穴位，還有些肩膀上穴位，比如患者有頸椎病，或者其它肩膀疼等疾病，可以取風池、肩井、天宗穴位。如果月經之前有乳房脹痛、乳頭痛等，還可以取膻中、期門等疏肝理氣。最重要的穴位是腹部穴位，腹部可以取氣海、關元、中極、子宮、歸來等，上述穴位主要可以調節月經不調，或者月經量少、月經時腹痛等。有些患者會伴有腰痠、腰疼等，可以取腰部穴位，比如腎俞、次髎、大腸俞等。還可以取大腿、小腿穴位，比如陰廉、足三里、三陰交等穴位，關鍵是全身治療，取穴是全身上面、下面，一般四肢都可以取。