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慢性結腸炎最常見的是潰瘍性結腸炎，中醫治療方法主要以中藥湯劑為主，還可以配合中藥針灸等治療，辨證初期的時候叫溼熱蘊結，溼熱蘊結的時候患者除了有黏液膿血便，還有肛門灼熱、口乾、口苦症狀，中醫處方就是葛根芩連湯或者是白頭翁湯加減。
早產壞死性的小腸結腸炎，一般發生在早產兒出生後的兩週左右。因為在這個時間段所有的早產，尤其是出生體重＞1000g以上的早產兒已經開始進行腸內餵養，而且大部分早產兒在兩週左右腸內餵養的量已經足量，基本能夠滿足早產兒自身熱卡的需求。
潰瘍性結腸炎是遺傳、免疫以及細菌感染多方面因素引起的炎症性腸病，在直系親屬中有15%-30%的遺傳性。潰瘍性結腸炎主要是免疫功能失調的炎症性腸病，遺傳只是部分原因。如果父母或者祖輩有潰瘍性結腸炎，不必過於擔心。從中醫角度上講，可以治未病，即先應用中藥調護預防結腸炎發作。
潰瘍性結腸炎的患者飲食宜清淡、鬆軟、易消化、營養豐富，宜吃具有清熱解毒作用的食物，如馬蘭頭、菊花腦及固澀，健脾作用的食物，如蓮子、薏米、陳倉米、山藥等，宜多食大蒜、茶葉、赤小豆、扁豆、烏梅、山楂、橘皮、石榴皮等。潰瘍性結腸炎要注意低脂肪飲食，要限制脂肪的量，對於脂肪較高的食物，例如紅肉，如牛肉、豬肉、羊肉、帶皮的禽肉、黃油和其他動物油、人造奶油、蛋黃醬等都應該限制攝入，應少吃或不吃油炸的食物。食物纖維可以促進腸道的蠕動。潰瘍性結腸炎活動性期的患者，由於腸道炎症，腸道本身蠕動偏快，如果再攝入較多的粗纖維飲食，可能會刺激加重腸道的蠕動，加重腹瀉症狀。所以潰瘍性結腸炎的患者飲食的時候應避免粗纖維飲食，如芹菜、蘿蔔、粗雜糧、韭菜等，以流質、少渣、半流質飲食為主。慢性期如果已經出現腸壁纖維化和腸腔狹窄，也應避免多攝入纖維性食物。宜少吃生冷的食物，例如冷飲、從冰箱裡取出的食物、生魚片、醉蟹、醉蝦、泥螺、西瓜、哈密瓜等，注意補充蛋白質及維生素。潰瘍性結腸炎一方面因反覆腹瀉，可以使大量的蛋白質和維生素從腸道流失。一方面因炎症和吸收不良，機體對蛋白質和維生素的消耗增加。因此潰瘍性結腸炎往往會出現低蛋白血癥或維生素的缺乏。
潰瘍性結腸炎患者應該進食低脂肪、高蛋白、高熱量、低纖維素的食物，可以多吃些魚類、家禽和乳製品、豆製品，也可以吃瘦肉、牛羊肉、麵包、澱粉類、水果、蔬菜等食物，多喝點鮮榨果汁。可以多吃小米粥、八寶粥、紅豆粥等營養的粥類食物和清淡的湯，可以多吃蘋果、香蕉、葡萄等水果，不要吃隔夜的飯菜以及放置時間過長的水果。
整腸生對慢性結腸炎的治療是有作用的，整腸生是腸道益生菌，主要成分是地衣芽孢桿菌，在腸道內部屬於有益菌，吃整腸生以後能夠調理腸道內部的菌群紊亂，建議長時間吃才能夠改善腸道內部菌群平衡，對於慢性結腸炎的治療是有一定效果的。
潰瘍性結腸炎是一種慢性疾病，經常反覆發作，需要長期治療，臨床上一般採用氨基水楊酸類藥物和免疫抑制劑。調節胃腸道的菌群平衡也非常重要，臨床上常用的益生菌製劑有雙歧桿菌三聯活菌散、蠟樣芽孢桿菌、酪酸梭菌活菌、酪酸梭菌腸球菌三聯活菌片、乳酸桿菌片等。