潰瘍性結腸炎是一種慢性疾病，經常反覆發作，需要長期治療，臨床上一般採用氨基水楊酸類藥物和免疫抑制劑。調節胃腸道的菌群平衡也非常重要，臨床上常用的益生菌製劑有雙歧桿菌三聯活菌散、蠟樣芽孢桿菌、酪酸梭菌活菌、酪酸梭菌腸球菌三聯活菌片、乳酸桿菌片等。

這些益生菌到達腸道後能夠黏附於腸粘膜，並且能阻止病原微生物在腸道的吸附，可抑制致病菌的定植或過度生長，因此常用於潰瘍性結腸炎的治療。