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幽門螺旋桿菌感染後，其治療方案有所不同，是在逐漸變遷的進程中。首先幽門螺旋桿菌最早是採取三聯療法，即一種PPI加上兩種抗生素，先服用PPI，把胃酸的水平抑制到一定程度，再通過吃抗生素去維持，一般是吃10-14天。後期發現鉍劑對幽門螺 旋桿菌的治療效果很好，因為死亡的幽門螺旋桿菌含有大量的鉍劑，而沒有死亡的幽門螺旋桿菌沒有鉍劑。後來把鉍劑也列入治療方案之中，主張幽門螺旋桿菌的四聯療法，即一種PPI加上一種鉍劑，主要果膠鉍，再加上兩種抗生素，服用方法都為2次/天。但是鉍劑和PPI不能同時吃，因為鉍劑對PPI有絡合作用，會減輕PPI的藥效，一般分開吃，兩種抗生素可同時吃。兩種抗生素現在用的比較多的是阿莫西林，服用劑量是1g/次，2次/天，克拉黴素0.5g/次，2次/天，這兩種藥可以同時吃，一般在飯後半小時以後再吃。前兩種藥在飯前吃，在飯前提前0.5-1.0小時左右吃，這樣會比較合理，這個四聯療法是最基本的方案。如果有人出現藥物過敏，根據醫生的醫囑隨時調整，因為抗生素有副作用，故一定要在醫生的指導下調整用藥。
幽門螺旋桿菌是否可以自愈，目前暫不明確，並沒有研究表明其可自行治癒。但是通過大量臨床觀察顯示，幽門螺旋桿菌在成人中感染以後，發現沒有通過治療，有時檢測會出現陰性或者檢測時已經沒有陽性指標。但是抽血中會查出幽門螺旋桿菌抗體是陽 性，則提示曾感染過幽門螺桿菌，但並沒有經過系統的治療。如果幽門螺旋桿菌通過呼氣檢測出現陰性，可認為幽門螺旋桿菌可以通過自身體內的免疫系統被殺滅掉，不再存在，所以不要太緊張。幽門螺旋桿菌往往在成人出現，兒童感染的可能性較小，因為兒童免疫系統發育不成熟，感染幽門螺旋桿菌估計要經過一段時間，因此臨床上並不主張兒童積極抗幽門螺旋桿菌治療。
幽門螺旋桿菌檢測一個加號，首先要看化驗單是什麼類型的檢測報告。如果是通過抽血以後發現，加號提示幽門螺旋桿菌抗體是陽性，這時並不是治療標準，一定要通過進一步檢測才能確診。這時推薦的檢測方法是呼氣試驗，可作 為是否要做進一步治療的依據。如果本身通過碳13、碳14的呼氣試驗檢測出幽門螺旋桿菌一個加號，或者幽門螺旋桿菌陽性，再加上一個數字。比如碳14的呼氣試驗是一個加號，可能要大於100(dpm/mmolCO2)；碳13的呼氣試驗是一個加號，可能要大於4‰。這時一個加號說明患者是有幽門螺旋桿菌感染則需要治療。如果僅僅是抗體陽性的加號，並不是治療的標準，需要進一步確認，建議通過呼氣試驗檢測後再確診。
幽門螺旋桿菌感染可能會引起口臭，但是口臭不一定是由幽門螺旋桿菌引起。口臭有很多原因，包括牙齦病變、牙周病變、口腔黏膜病變等。此外，年輕人分泌功能會紊亂，也會引起口臭，故不能把幽門螺旋桿菌感染和口臭劃等號，也不能反 過來推論，都屬於不正確觀點。但是有的患者經幽門螺旋桿菌治療後口臭症狀較輕，後期幽門螺旋桿菌感染不存在，這時檢測幽門螺旋桿菌是陰性，但是又出現口臭。這時不主張抗幽門螺旋桿菌治療，因為幽門螺旋桿菌檢測是陰性，這時口臭不單純是由幽門螺旋桿菌本身引起。
幽門螺旋桿菌碳14的檢測，部分醫院定的指標不一樣。但是根據指南，碳14的呼氣實驗定的指標應該小於100dpm/mmolCO2，如果小於100dpm/mmolCO2，可確定幽門螺旋桿菌感染陰性。如果大於100dpm/mmolCO2或者出現陽性，要結合疾病本身進行治療。另外，有報告顯示小於50dpm/mmolCO2，出了陰性的結果提示，但是還是應該以國家指南為主，國家指南上小於100dpm/mmolCO2是陰性，此時不需要干預，可以結合胃鏡結果進行評估。醫生通過胃鏡的結果判斷，患者有萎縮性胃炎或者潰瘍的，考慮有幽門螺旋桿菌感染，但是檢測幽門螺旋桿菌是陰性，還可以換其它方法進一步檢測。比如取胃內組織做快速尿素酶試驗進行檢測。因為要證明是抗幽門螺旋桿菌感染，一定要拿出證據，抗幽門螺旋桿菌治療對疾病本身的恢復有極大的好處。
通過大樣本的調查以後，發現幽門螺旋桿菌與經濟狀況、文化水平、住宿環境、職業性質、飲水等有關，所以在這些方面要適當地避免。因為幽門螺旋桿菌的感染是從口入的，所以在進食的時候，一定要注意進食清淡、新鮮的食物。醃製品、燒烤、滷味之類的食物 應適當避免。而從大樣本的觀察來看，飲酒、抽菸對幽門螺旋桿菌的影響不大，即不一定與飲酒、抽菸有關係。
如果出現消化道出血，大便顏色和性狀會發生改變。大便可能出現黑便或柏油便，像瀝青一樣黑的發亮。有時消化道出血，還會出現果醬樣大便，會出現紅色便，也可以出現血凍、血塊樣大便，以上都是消化道出血後大便性狀改變的表現。除了出現大便性狀的改變，還會出現大便次數的變化。因為上面有血不停往下，所以大便次數會明顯增多，大便的性狀會偏稀，本身在體內是一種液態形式，所以大便次數越多大便越稀，大便顏色越鮮紅，這時提示出血量越大，對於患者的傷害也就越大。需要注意如果顏色比較深、大便次數不多、性狀偏幹，說明出血部位比較靠上，即上消化道、胃和十二指腸、食管和賁門出血可能性稍微大一些。如果是靠下消化道出現，如小腸、大腸出來的血多半是很紅的顏色，多是鮮紅色，並且有時候還是帶血水樣便。另外，有一個要特別注意的事項，即有食管胃底靜脈曲張疾病出血的患者，不僅會出現黑便，有時候還會有血便。而且出血量非常大，既從口裡排出，也從下面排出，排出速度會比較快，出血量很大。大便會出現黑便、血便，甚至血塊，口裡吐出的還有血塊，甚至咖啡色樣的血塊都會出現。
消化道出血發現大便排出來的是黑便，首先要高度警惕，不要以為是食物結構變化造成，要積極就醫。首先會檢查大便常規，判斷這種黑便裡面到底是什麼東西，將大便性質分析清楚，如果發現確實是因為出血引起的黑便，醫生會很快制訂出治療方案。在大便或血常規中如果提示有貧血，而且大便有發黑，潛血是陽性，這時肯定是消化道出血。比如有的黑便是很乾的，感覺次數不多，這時提示上消化出血可能性大，多半是胃、十二指腸多發性潰瘍。有的懷疑是腫瘤性病變，出血量比較少，一般要及早借助胃鏡明確病因，確定是腫瘤或者是潰瘍後，再進行相應的治療。此種情況下出現黑便，再就醫前千萬不能進食，因為進食以後會引起出血加重。
下消化道出血，多半是指小腸和大腸。下消化道出血和上消化道出血會有典型不一樣的症狀。上消化道出血可能有黑便，而下消化道出血顏色以鮮紅為主，出血量有時會較多，出現吐血的幾率較小，即吐咖啡色樣或吐血性的胃內容物的可能性較小，但往往會出現解黑便或者是 解少量的黑便和血便。如果懷疑是消化道出血，患者來了以後首先要查胃鏡，發現上消化道無異常，可能是下消化道問題。則在治療的同時，要進一步做結腸鏡，把上下消化道、結腸觀察清楚。一般一天之內會很快看完，就能明確清楚。如果兩邊都無異常，由於小腸是人體內很大的器官，相對是一個盲區，很難被發現，因此在尋找病因同時要積極治療，要穩住患者的基本生命體徵，使用收縮血管、支持營養的藥物，且必要時還應進行輸血，維持患者基本生命現象。如果經胃鏡、結腸鏡檢查後發現沒有異常，可考慮小腸出血，在治療的同時，要進行小腸方面的相關檢查。可以先做小腸三維成像，就是CT檢查，觀察小腸裡面有異物。因為小腸內最多見有間質瘤存在，特別是年輕人易好髮間質瘤。所以觀察有無間質瘤、包塊或腫瘤性增生。如果發現是哪那個部位的異常，下一步要考慮手術探查，手術時可把瘤體切除，出血自然會治癒。如果沒有發現異常，這種患者往往考慮有血管畸形，有時候要通過膠囊內鏡等方法來明確和診斷。
首先要進行胃鏡檢查，如果上消化道無異常，下一步考慮做腸鏡檢查，做腸鏡的目的是要明確下消化道的基本情況，即排查血是從哪裡來的。如果胃鏡檢查是好的，但患者有排血或者鮮紅的血水便時，這時要做腸鏡，觀察大腸有沒有問題，下一步再排查小腸。其次排查小腸主要是有兩個方法，一種是先做小腸的三維成像，檢查小腸內有沒有包塊、有無間質瘤或者腫瘤，如果是確認有異常，需要明確治療方法，下一步應在基本保守內科治療的同時考慮手術治療。如果沒有發現什麼異常，則在穩住生命體徵的情況下，要進一步做膠囊內鏡。做膠囊內鏡的目的是觀察小腸裡內血管有無異常，有沒有血管畸形或其它病變。因為小腸的炎症性病變或者小腸糜爛等情況也會引起出血，所以只要明確部位，最終可通過外科手段來干預。
患者在食管、胃、十二指腸球部等部位的出血叫上消化道出血。上消化出血的病因認為有兩個，一個是胃上部潰瘍出血，即胃酸分泌過多。再一個是幽門螺旋桿菌感染，而現在又加了一種無幽門螺旋桿菌感染無潰瘍。幽門螺旋桿菌感染是上消化道出 血的主要原因之一。上消化道出血最多見的原因是潰瘍，消化性潰瘍包括食管潰瘍、賁門潰瘍、胃潰瘍和十二指腸球部潰瘍。這種潰瘍以中老年人多見。但因為生活水平和生活習慣的問題，現在年輕人的發病率也比較多。此外腫瘤也是上消化道出血的一個病因，腫瘤多半是在賁門、胃等上消化道部位出血。另外與不良生活習慣也有關，比如暴飲暴食，出現噁心、嘔吐，進而造成的賁門撕裂、食管潰瘍。有的人不健康飲酒、吃燒烤，或者吃醃製品，就會造成食管、胃底黏膜的病變，有時出現大面積的糜爛，從而造成出血現象，這種出血在平時也經常碰到。除此之外，有一種上消化出血即肝硬化合並食管胃底靜脈曲張出血是相當兇險的。不僅吐血吐得厲害，並且排血較為嚴重，且這類出血處理起來較為困難，出血也比較急。
如果一個患者就診時考慮是上消化道出血，最基本的要檢查血常規、血型以及免疫學檢查。有一種上消化出血，要求隨時輸血。因為輸出的血過多，患者會長時間處於休克狀態，即心、腦、腎就會缺血，缺血以後會造成不可逆的缺血性功能再損傷。所以首 先要查血常規、血壓、血氧等指標。查血常規以後評估其貧血程度，如果貧血嚴重，要及時給患者輸入適當的紅細胞，滿足其基本生命需求的血液供應。另外要抓緊時間進行胃鏡檢查，考慮是上消化道出血，要儘早、儘快做胃鏡，這時做胃鏡不一定是檢查去明確病因，還可以在內鏡下止血治療。如果發現哪個位置是什麼原因出血，可以採取干預手段，在內鏡下打止血針。若是潰瘍出血可以在潰瘍周圍的黏膜下注射，把潰瘍的血管封死，就不會再出血，或者肽夾子把周圍出血封起來，再通過內鏡下處理，這時出血源頭就會消失，患者的生命現象會得到穩定。所以整體而言，如果懷疑上消化出血，一是要堅持滿足其基本血容量，二是要積極進行內鏡診斷和治療，都是很重要的事項。
上消化道出血代表會有失血現象，而失血以後會有貧血。有的患者貧血到一定程度，會出現低熱，這是很正常的一種現象，這種低熱是機體的一種應激反應造成的。這種患者的體溫不會燒的很高，多半體溫到38℃左右，這類患者經過退燒處理後不需 要經過特別的處理。有時出血的患者查血常規，白細胞數值會稍微高一些，這時不一定是炎症反應，而是機體應激反應造成，往往不需要處理，只需糾正貧血，體溫會自行下降。另外，如果確實發現機體存在炎症，比如出血還合併肺炎、膽囊系統感染、膽道系統感染或其它部位感染，肯定需要用消炎藥抗感染治療。
通過醫生的診斷，懷疑是上消化道出血，或者是考慮為上消化道出血的情況，首先要給患者儘早做胃鏡檢查。因為胃鏡不僅具有檢查作用，也可在內鏡下治療。只要患者生命現象、生命體徵都是平穩的，這時應積極治療，無需挑 選時間，無論是白天還是晚上。出血以後血色素會降低，但是不是很低，心率有時候較快，但也不是很快，血壓也不是很低，患者可以耐受的情況下，經過醫生評估，患者應該可以耐受胃鏡檢查，這時候要積極進行胃鏡檢查。這種患者做胃鏡檢查或者做胃鏡下治療時，往往是不能做麻醉的，多半是在清醒狀態下進行。患者因為出了血，可能胃腔內或者食管腔內還有血凝塊，做麻醉的過程中會怕患者出現誤吸現象，因為麻醉狀態下患者沒有呼吸感覺，吸到氣管裡面從而產生吸入性肺炎，所以要在清醒狀態的時候做。如果患者出現嘔吐反射，自己會把血凝塊等東西嘔出來。所以總體上來講，只要患者生命體徵平穩，胃鏡是越早干預越好。