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腦幹出血手術，通常從術前準備，到術中開顱，然後到關顱，時間大約是3-4個小時。操作的時間不會太長，主要是做些準備工作，術中的一些精細的操作，以及術後對患者的瞳孔等生命體徵的評估。
腦幹出血手術越早越好。通常腦幹出血在6小時之內，血腫會自動停止。從6小時開始腦幹血腫對周圍組織形成壓迫，包括毒素反應都會出來。還有部分患者由於種種因素，持續發病的時間更長，比如12小時或72小時，這種情況下腦幹血腫對腦組織的壓迫會越來越重。
腦幹出血的危險期一般在7天左右。腦幹是人體非常重要的中樞，包括呼吸、心跳、血壓、脈搏、體溫等生命中樞都在腦幹。當腦幹的出血量大於5ml的時候，患者很危險。如果患者的出血量在10ml以上，後果就是不良的，可能會導致患者死亡。腦幹出血以後，患者會發生肺內感染、消化道的應激性潰瘍等嚴重併發症，都需要積極進行治療。而且腦幹是功能區，手術的幾率不大，沒有辦法通過手術進行治療，只能進行保守治療。一部分人出血量大於5ml，可能會出現腦幹功能的衰竭而死亡。