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卵巢囊腫術後可能會復發，部分卵巢囊腫復發的可能性較大，比如子宮內膜移位囊腫，即巧克力囊腫，和卵巢黏液性囊腫，上述兩類囊腫很容易復發。巧克力囊腫術後，會採取預防復發措施，黏液性囊腫術後沒有特殊的預防措施。
B超為婦科較重要的檢查，通常不易區分卵巢和卵巢癌，只能起提示作用，但可觀察雙側卵巢大小是否正常、是否具有囊腫等。如果包塊呈囊性，通常為良性。如果包塊呈混合性，內部除液體成分外，還含有乳頭狀增生組織，組織血流豐富，則需要考慮卵巢癌的可能。
卵巢囊腫多數情況不是不來月經的原因，而是不來月經的結果，囊腫可以通過人為的方法來1次月經，再決定是否為病理性囊腫，如果囊腫消失，通常無需處理，如果不消失且直徑>5公分，可能需要做手術。由於不來月經，所以卵巢的囊腫可能一直未消失或者減小，應考慮不來月經的原因，具體原因如下：
巧克力囊腫指卵巢上良性腫瘤，卵巢位於盆腔偏下3-4cm位置，巧克力囊腫指子宮內膜異位在卵巢上生長，患者可伴隨月經週期變化出血，形成血包狀囊腫。若將其切開可看到暗褐色血液，因顏色接近巧克力，醫學稱為巧克力囊腫，常見影響如下：