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肝內膽管結石的手術指徵包括:肝內膽管結石引起反覆發作膽管炎；引起病變膽管狹窄，遠處膽管擴張；引起相應肝組織萎縮，纖維化；不排除結石所造成的癌變；肝內膽管結石下行造成繼發性膽總管結石等。臨床上還需要根據結石的大小、部位、數目，是否引起肝臟萎縮
肝內鈣化灶是肝實質細胞炎症後形成的"疤",一般無大礙，部分患者可能和肝內膽管結石患者一樣會有肝區悶脹感覺，如確診一般不需治療。肝內有鈣化點可能是肝內膽管壁部分鈣化。它的原因多由於炎症、結核等引起，也可能是肝內鈣化灶及肝組織局部壞死後的纖維化
由於肝內膽管結石大多數是含有細菌的棕色膽色素結石，因此熊去氧膽酸對於肝內膽管結石效果欠佳，不推薦口服使用。對於沒有症狀、直徑較小的肝內膽管結石，是無需口服藥物治療，如果合併輕度膽管炎，也可以考慮口服消炎利膽片、舒膽片、膽寧片、熊膽膠囊等。而
肝內膽管結石的臨床表現主要是急性膽管炎引起的高熱寒戰和上腹部疼痛，嚴重的患者還會出現全身膿毒血癥和感染性休克。反覆發作膽管炎可以導致肝膿腫，而膿腫可以穿破膈肌和肺形成膽管支氣管瘻，出現膽汁樣痰。另外長期結石嵌頓引起的膽道梗阻，還可以導致淤膽