治療腸易激綜合徵的藥物包括以下幾種：
1、解痙藥，抗膽鹼藥物可作為緩解腹痛的短期對症治療，匹維溴銨為選擇性作用於胃腸道平滑肌的鈣通道阻滯劑，對腹痛亦有一定的療效，且不良反應少。
2、止瀉藥，洛哌丁胺或地芬諾脂止瀉效果好，用於腹瀉症狀較重者，但不宜長期使用，輕症者亦使用吸附止瀉藥，如蒙脫石、藥用炭等。
3、瀉藥，對便秘型患者酌情使用瀉藥，宜使用作用溫和的輕瀉劑，以減少不良反應和藥物依賴性，常用的有滲透性輕瀉劑，如聚乙二醇、乳果糖或山梨醇，容積性瀉藥如甲基纖維素等也可選用。
4、抗抑鬱藥，對腹痛症狀重、上述治療無效且精神症狀明顯者可試用，臨床研究表明這類藥物甚至對不伴有明顯精神症狀者也有一定的療效。
5、腸道微生態製劑，如雙歧桿菌、乳酸桿菌等製劑，可糾正腸道的菌群失調，對腹瀉、腹脹有一定的療效。