腸易激綜合徵患者中樞神經系統和腸道互動發生異常，腸道敏感性增加、腸動力紊亂。這種腦-腸互動異常，通常認為是由於腸道感染以後的狀態，腸道菌群失調，以及各種原因導致的精神、心理因素，焦慮、抑鬱狀態所造成。腸道對正常刺激過於敏感，而出現腹痛、腹瀉、便秘等臨床症狀。
腸易激綜合徵是常見的功能性腸病，不伴有可以解釋症狀的形態學異常，以及生化異常。臨床上一般在進行各種檢查，排除器質性疾病以後才可以診斷。正常情況下，腸道是在中樞神經系統的支配下，發揮其正常的生理功能。