小兒單純性甲狀腺腫主要是由於缺碘所致，因此堅持長期足夠的補碘，就能有效預防小兒單純性甲狀腺腫的發生。
（1）保持心情舒暢，勿鬱怒動氣。平時要注意補充碘，但不可盲目地補碘，以免出現碘甲亢。
（2）在流行地區內，除改善水源外，主要以食用碘化食鹽做集體性預防，用至青春期過後。碘化食鹽除有預防作用外，對患者也有一定的治療作用。
（3）通過碘油肌內注射或食用也有良好預防的效果。