橋本氏甲狀腺炎屬於免疫功能紊亂所致，因為甲狀腺自身抗體的形成，導致甲狀腺細胞的損傷。早期可以用糖皮質激素治療，必要時可以配合免疫抑制劑。如果到了晚期，則會誘發甲減，則主要是用甲狀腺片或者是左甲狀腺素鈉片做替代治療。用藥期間注意定期檢查甲狀腺功能，根據檢測結果調節藥物用量，對於已經形成的甲狀腺損傷，治療多沒有效果。