橋本甲狀腺炎容易對甲狀腺細胞造成破壞而引起甲狀腺功能減退，如果甲功促甲狀腺激素水平在正常範圍內，可以暫時不需要處理，定期複查甲狀腺功能。如果促甲狀腺激素水平升高，提示有甲狀腺功能減退症，典型的表現有怕冷、乏力、納差，嚴重者有粘液水腫，那麼就需要口服左甲狀腺素鈉片，並且定期複查甲狀腺功能，調整藥物的劑量。