在瘧疾發作的治療中，最重要的是殺滅紅細胞內的瘧原蟲。其次就是對症及支持治療。抗瘧原蟲的治療藥物主要分兩類。第一類，殺滅紅細胞內裂體增殖瘧原蟲的藥物：主要有氯喹，青蒿素及其衍生物，磷酸咯萘啶，甲氟喹，其它還有些新近研製的和不常用的藥物比如奎寧等。第二類，殺滅紅細胞內瘧原蟲配子體和遲髮型子孢子的藥物：主要有磷酸伯氨喹，特芬喹，青蒿琥酯，氯喹，磷酸咯萘啶。對症處理，腦型瘧疾常有腦水腫與昏迷，應及時脫水治療。監測血糖，及時糾正低血糖。超高熱患者可用腎上腺皮質激素，布洛芬等解熱鎮痛藥。用己酮可可鹼可提高腦型瘧疾患者的療效。