惡性瘧疾症狀嚴重且病死率高，應堅持抗瘧治療和對症治療病重的原則，高熱症狀可服用對乙酰氨基酚或布洛芬，輸液保持酸鹼平衡，必要時採用強心、利尿、呼吸機、透析等方法，維持重要器官功能。惡性瘧疾首選青蒿琥酯或蒿甲醚針劑治療，蒿甲醚肌肉注射，成人每天一次80mg，連續7天。病情危重時，每4~6小時靜脈注射60mg青蒿琥酯。也可採用氯喹、磷酸哌喹等一線抗瘧藥物。