慢性胰腺炎的病程比較長，臨床表現有無症狀期和症狀輕重不等的發作期，交替出現。最主要的症狀和最突出的症狀就是腹痛，60%以上的患者可能有不同程度的腹痛，一般是間歇性的，性質為隱痛、鈍痛，也有很劇痛的，多位於上腹部，也有可能放射到後背部和兩肋部。患者可能取坐位，前傾的時候可能緩解一些，躺下或者進食後疼痛可能會加重。可能會有胰腺功能不全的表現，主要有腹脹、食慾減退、噁心、噯氣、厭油、乏力、消瘦、腹瀉等等症狀。其它可能還會有嚴重的併發症，可能會有黃疸，少量的病人會出現胸水、腹水或者上消化道出血、靜脈血栓、精神症狀等等。所以慢性胰腺炎主要的症狀是上腹疼痛、胰腺鈣化，還有胰腺假性囊腫、糖尿病、脂肪腺等主要的臨床表現。