腹痛是慢性胰腺炎最主要的臨床症狀。主要表現為上腹痛，是發作性的腹痛，放射到後背，但隨著胰腺分泌功能的下降，疼痛會逐漸減輕，最終會消失。由於慢性胰腺炎導致胰腺萎縮，功能下降，最終會導致出現消化不良，脂肪瀉，營養不良。另外由於胰島的分泌功能下降，導致胰島素分泌不足，出現糖耐量異常，並最終發展成為糖尿病。慢性胰腺炎還會造成病人出現心理方面的問題，比如焦慮、抑鬱等。