泌尿繫結石通常分為上尿路結石和下尿路結石，尿路結石的治療通常以藥物治療為主，對於一些急性結石的處理通常以非甾體類鎮痛抗炎藥物、阿片類鎮痛藥以及解痙類藥來緩解急性的疼痛。解痙的藥通常包括M受體阻滯劑，比如阿托品、654-2，可以起到鬆弛輸尿管平滑肌的作用。硝苯地平等鈣離子通道拮抗劑，以及黃體酮、α受體阻滯劑，也可以緩解輸尿管平滑肌的痙攣，對於腎絞痛的治療具有一定的效果。
結石合併有感染也可以採用抗生素治療，還有部分中成藥物有促排石的作用，在臨床上也可以得到應用，例如金錢草，對於結石的預防也可以檢化尿液，控制尿酸，採用相應的藥物，比如別嘌呤醇、枸櫞酸鉀，甚至採用降低胱氨酸的藥物，控制特殊類型的結石。