女性結石形成的原因和男性並沒有太多區別，影響結石形成的因素很多，年齡、性別、種族遺傳、環境因素、飲食習慣和職業對結石的形成影響很大。身體的代謝異常、尿路梗阻、感染、異物和藥物的使用是結石形成的常見原因，重視這些問題能夠減少結石的形成和復發。
常見的代謝異常包括尿酸鹼度異常、高鈣血癥、高鈣尿症、高草酸尿症、高尿酸血癥、胱氨酸尿症、低枸櫞酸尿症、低鎂尿症。局部因素包括尿路梗阻、感染和尿路中存在異物是誘發結石形成的主要局部因素，梗阻可以導致感染和結石形成，而結石本身也是尿路中的異物，後者會加重梗阻及感染的程度。
藥物相關因素分為兩大類：一類為尿液濃度高而溶解度比較低的藥物，如氨苯蝶啶；另一類為能夠誘發結石形成的藥物，如乙酰唑胺、維生素D等，這些藥物在代謝的過程中導致了其它成分結石的形成。