腎結石微創手術主要有兩種，一種是輸尿管軟鏡碎石取石術，另一種是經皮腎鏡碎石取石術。輸尿管軟鏡適合處理比較小的腎結石，也就是2cm以下的腎結石，因為軟鏡比較細小，碎石和清石都比較慢，所以太大的結石往往一次做不乾淨。軟鏡是經尿道、膀胱、輸尿管進入到腎，所以是自然腔道，不用打孔，出血和創傷都比較小，恢復較快，痛苦也小，但是軟鏡屬於一次性耗材，光軟鏡的費用通常就是30000多元，加上麻醉和手術費以及藥物通常需要50000元以上。
經皮腎鏡碎石取石術適合處理大結石，比如鹿角樣結石或者是多髮結石。它是經過皮膚以及腎臟打一個孔進去直接處理結石，然後將結石吸出，所以碎石和清石效率都比較高。經皮腎鏡往往是可以重複使用的，所以費用比軟鏡要低，加上全麻手術和其他的藥物治療等等一般需要20000-30000元左右。