食管炎的藥物治療主要是通過促進胃動力的藥物，如多潘立酮，莫沙比利依託比利，這類藥物可以通過增加，食管下括約肌的壓力，改善食管的蠕動功能，促進胃排空，從而達到減少胃內容物食管反流以及減少，使管道暴露時間，還可以用h2受體拮抗劑，如西米替丁雷尼替丁法莫替丁。它能夠有效的抑制胃酸的分泌，質子泵抑制劑，包括奧美拉唑，藍索拉唑，泮托拉唑。抗酸的藥物主要是氫氧化鋁，中和胃酸。