子宮內膜異位症大部分不會癌變，但是有惡變的潛能，子宮內膜異位症癌變率約為0.7%-1%左右。隨著年齡的增長，子宮內膜異位症癌變的幾率也會增加，子宮內膜異位症病程越長，發生的癌變率也就越高。絕經以後子宮內膜異位症的症狀會有好轉，甚至包塊會有縮小，仍然存在著一定惡變的概率，所以對於圍絕經期或者是絕經後的女性，如果有子宮內膜異位症病史，仍然要定期複查，要是發現子宮內膜異位症的病灶增大，應該及時做手術治療。