子宮內膜異位症自己好了還可能會復發，異位的子宮內膜會隨月經週期性變化出現週期性出血。子宮內膜異位症盆腔疼痛的程度與疾病的嚴重程度不相關，繼發性痛經及性交痛為常見的盆腔疼痛表現。痛經可發生在經前、月經期或經後。如果侵犯子宮直腸窩可發生深部性交痛；病灶刺激膀胱及結腸，在經期可有便血和疼痛；腹部切口子宮內膜異位症疤痕結節在經期增大，疼痛加重。