先天性食管閉鎖原因分別有：1.受到某種因素影響到空泡形成和融合，從而造成食道出現閉鎖；2.食道和原始氣管之間的隔膜發育不夠完善導致食管出現了不正常的通道；3.與生理和孕期保健等因素有關。造成先天性食管閉鎖的原因是有很多的，具體病因需要患兒到醫院做食管造影、x線片等方面的檢查來確認，病因確認後再進行治療。