先天性食管閉鎖病例未經治療出生後數日即死亡，因此明確診斷後即應儘早施行手術，糾治畸形。
一、藥物治療
抗生素：如左氧氟沙星，可起到預防以及治療感染的作用。
二、手術治療
氣管插管：採用靜脈複合麻醉或持續硬膜外的麻醉。手術切口採用右側第四肋間後外側進路，胸腔內或胸膜外手術具體情況決定。
1、如為Ⅲ型：首先將遠端與氣管相通瘻管結紮，或切斷縫合，再以近端盲袋內胃管為嚮導，進行分離。
2、如近遠端盲袋相距在2cm以內：爭取一期吻合手術，單層縫合效果良好；如為右位主動脈弓則手術改為左胸進路。
3、如食管閉鎖兩盲腸距離在2 cm以上：因為張力比較大，可考慮應用Haight式吻合術，即上端食管壁黏膜層，黏膜下層與下端食管壁各層間斷吻合，再將上端食管壁肌層與下端食管外膜和肌層間斷縫合蓋於吻合口。
4、如距離長：可在近端閉鎖上1～2cm處環形切開食管肌肉層(Livaditis手術)保留黏膜層和黏膜下層以達到減張，用4-0至6-0可吸收縫線，單層間斷對端吻合術或端側吻合。
5、如食管閉鎖距離遠而不能一期吻合：若有痿管先作結紮，食管近端在頸部外置，胃造瘻術，隔3~6個月後可考慮作食管重建手術(結腸代食管、空腸代食管、胃管代食道管)。
6、如早產兒病情危急：出現肺炎引起嚴重呼吸困難，可在麻醉下進行胃造瘻手術，口腔、咽喉持續吸引全身支持治療1~2個月後病情穩定後再作剖胸吻合手術。