對於矮小症的治療，一般採取激素類的藥物治療、心理輔導以及原發病的治療，這些綜合的治療方式幫助緩解症狀。一般情況下首先要注意尋找引起患兒矮小的原發病，比如注意他有沒有顱腦外傷、放療、腫瘤等等引起的繼發性生長發育缺乏，就要做對症的一些外科手術治療。
如果患兒是心理因素，包括腎臟的疾病引起的，就要注意消除病因，幫助緩解症狀。另外，很多矮小症的患兒可能會有心理問題，所以需要注意給他們做心理輔導。在藥物治療方面，主要是經過醫生的綜合評判，在醫生的指導下去使用生長激素，還有性激素等等，都有助於矮小症的緩解。有些患兒可能是因為腫瘤等等，引起出現繼發性的生長激素缺乏症，這個時候也需要選擇手術治療的方式，幫助去治療相關的疾病，緩解矮小的症狀。