先天性巨結腸許多的併發症發生在出生後兩個月以內，要特別重視在此期間進行治療先天性巨結腸的併發症。其中併發症包括：1.最常見的併發症是小腸結腸炎，因為糞便堆積導致腸管高度擴張，腸腔內壓力增高，從而發生腸黏膜缺血、水腫、潰瘍，引起血便及腸穿孔；2.因為糞便不能及時排出體外，糞便裡的代謝產物、細菌、毒素進入血液循環，會導致全身臟器感染，患兒容易出現高熱、腹脹、嘔吐等症狀，重症感染者甚至可發生肺炎、敗血症危及生命。3.腸穿孔，穿孔的部位主要是乙狀結腸和盲腸，如果繼發了感染就會引起敗血症和肺炎等。