輕微的新生兒先天性巨結腸通過及時治療後是可以被治癒的；但若病情較嚴重，且一直沒有得到處理，想要徹底治癒會有一定困難，部分患者甚至可能會引發小腸結腸炎、營養不良等併發症的出現。在治療方面主要是採取手術進行，通過採用巨結腸根治手術來解除症狀，從而使得重腸道重新恢復連續性。先天性巨結腸的形成多數是與遺傳等方面有關。