小孩先天性巨結腸手術費用一般需要2萬元到5萬元之間，具體費用需要根據所處的醫院級別及當地物價等方面來決定。若患者的病情較輕微，可以採用微創型手術治療，微創手術價格一般是在2萬元到3萬元左右；較嚴重的患者，則需要採用傳統手術進行治療，費用大概是在4萬元到5萬元左右。不管是哪一種手術方法，都建議要儘早就醫做治療，拖延的時間越久越不利於後期恢復。